褐色蒂腐病在果實貯藏期極為普遍發生，是由柑橘樹脂病菌侵染成熟果實引起的病害。發病多在果蒂部位開始，初呈水漬狀腐爛，圓形斑，黃褐色，并逐漸向果肩、果腰擴展，與黑色蒂腐病很相似。后變為褐色至深褐色，病部果皮革質，有韌性，手指輕壓不易破裂，通常無黏液流出。病斑邊緣呈波紋狀，深褐色。在向臍部擴展中，果心腐爛較果皮快，當果皮變色擴大至果面的1/3-1/2時，果心已全部腐爛，故稱“穿心爛”，最后全果腐爛。在病部表面，有時生長白色菌絲體，并散生黑色小粒(分生孢子器)。

(1)農業防治：加強栽培管理，增強樹勢，并做好防寒、防曬等。

(2)化學防治：可用25%吡唑醚菌酯懸浮劑2000倍，43%戊唑醇懸浮劑3500倍、25%吡唑醚菌酯懸浮劑2000倍，12.5%氟環唑懸浮劑2000倍液等。

柑橘褐色蒂腐病以菌絲體和分生孢子器在病枯枝、病樹干及死樹皮上越冬，病部上的分生孢子器為次年病害的初侵染源。由風雨和昆蟲傳播。當果蒂形成離層的時候，病菌從蒂中部的維管束侵入或從果柄的剪口侵入，貯藏運輸期間的病果，是來自田間已被侵染的果實。高溫高濕條件下，發病快且嚴重。該病發生的最適溫度為27-28℃，在20℃以下或35℃以上，腐爛較慢，在58℃時不易腐爛。